Το έργο όλων των υπηρεσιών συντονίζεται και ελέγχεται από το Συντονιστή Διοίκησης, στον οποίο άμεσα υπάγονται οι Περιφερειακές Υπηρεσίες καθώς και το Γραφείο Νομικών Υποθέσεων.

Η Κεντρική Υπηρεσία διαρθρώνεται ως εξής:

1. Διεύθυνση Ασφάλισης, που συγκροτείται από τα τμήματα:

α. Συντάξεων Κύριας Ασφάλισης β. Μητρώου Ασφαλισμένων γ. Μητρώου Συντάξεων δ. Συντάξεων Επικουρικής Ασφάλισης ε. Διαδοχικής Ασφάλισης

2. Διεύθυνση Διοικητικού, που συγκροτείται από τα τμήματα:

α. Διοίκησης Προσωπικού β. Γραμματείας, Σχέσεων Κράτους - Πολίτη γ. Πληροφορικής δ. Ελέγχου και Επιθεωρήσεως ε. Γραφείο Τεχνικού

3. Διεύθυνση Οικονομικού - Παροχών, που συγκροτείται από τα τμήματα:

α. Λογιστηρίου β. Εσόδων γ. Προμηθειών και Περιουσίας δ. Παροχών Περίθαλψης σε Είδος Κέντρου ε. Παροχών Περίθαλψης σε Είδος Επαρχίας στ. Παροχών Περίθαλψης σε Χρήμα ζ. Δαπανών Διοίκησης - Χορήγησης Δανείων

4. Διεύθυνση Υγειονομικού, που συγκροτείται από τα τμήματα:

α. Ιατρικής και Οδοντιατρικής Περίθαλψης β. Συμβάσεων Υγειονομικής Περίθαλψης γ. Φαρμακευτικής Περίθαλψης δ. Βοηθητικών Υγειονομικών Υπηρεσιών

5. Γραφείο Νομικών Υποθέσεων

Οι Περιφερειακές Υπηρεσίες διαρθρώνονται ως εξής:

1. Διεύθυνση Θεσσαλονίκης, που αποτελείται από τα τμήματα:

α. Ασφάλισης - Παροχών β. Οικονομικού γ. Υγειονομικού

2. Περιφερειακά Τμήματα σε

α. Κομοτηνή β. Λάρισα γ. Λαμία δ. Ιωάννινα ε. Πάτρα στ. Ηράκλειο

3. Περιφερειακά Γραφεία σε

α. Κοζάνη β. Αγρίνιο γ. Τρίπολη δ. Καλαμάτα ε. Καβάλα στ. Χανιά ζ. Ρόδο

Επίσης, στο νομό Αττικής λειτουργούν περιφερειακά υποκαταστήματα του Ταμείου, τα οποία υπάγονται για τη λειτουργία τους απευθείας στο Συντονιστή Διοίκησης, στις εξής περιοχές:

α. στο ακίνητο του Ταμείου στην οδό Μενάνδρου β. στον Πειραιά γ. στη Καισαριανή δ. στη Καλλιθέα ε. στο μέγαρο του ΟΤΕ Επιστροφή στην κορυφή